El 1ero. De septiembre de 1939, Alemania invadió Polonia y la Segunda Guerra Mundial comenzó. En menos de un mes, el Ejército Polaco fue derrotado y los Nazis iniciaron su campaña de destrucción hacia la cultura Polaca y de esclavización de la población Polaca, a quienes ellos veían como "subhumanos". El asesinato de los líderes Polacos fue el primer paso: los soldados Alemanes llevaron a cabo masacres contra profesores universitarios, artistas, escritores, políticos y muchos sacerdotes Católicos. Para crear nuevos espacios para la vida diaria de "la raza superior Germana", grandes segmentos de la población Polaca fueron reestablecidos, y las familias Alemanas fueron movilizadas hacia las tierras que habían sido abandonadas. Miles de Polacos, incluyendo Judíos, fueron enviados a los campos de concentración. Los Nazis también "secuestraron" a más de 50,000 niños Polacos de "aspecto ario" y los alejaron de sus padres llevandolos a Alemania para ser adoptados por familias Alemanas. Muchos de estos niños fueron después rechazados y fueron considerados incapaces de la Germanización, por lo que fueron enviados a campos de concentración especiales para niños, donde muchos murieron de hambre, inyecciones letales y enfermedades.

Cuando la guerra empezó en 1939, Hitler dio la orden de asesinar a todos los pacientes incapacitados institucionalizados, considerados "incurables". Comisiones especiales revisaron cuestionarios llenados por los hospitales del estado, y luego decidían si un paciente debía de ser asesinado. Los condenados fueron entonces transferidos a seis instituciones en Alemania y Austria, donde fueron utilizadas cámaras de gas especialmente construídas para matarlos. Después de algunas protestas públicas en 1941, el liderazgo Nazi continuaba su programa "eutanasia" en secreto. Los bebes, niños pequeños y otras víctimas fueron asesinados por inyecciones letales y píldoras, o muertos de hambre.

El programa "eutanasia" contenía todos los elementos requeridos para la aniquilación en masa de los Judíos y Gitanos Europeos en los campos de muerte Nazi: la decisión articulada para matar, un personal especialmente entrenado, la muerte por medio del gas, y el uso de un lenguaje eufemístico como el término "eutanasia", que psicológicamente alejaba los asesinatos de sus víctimas y escondía el carácter criminal de estos asesinatos hacia la gente.

En 1940, las fuerzas Alemanas continuaron su conquista en gran parte de Europa, derrotando fácilmente a Noruega, Dinamarca, Holanda, Bélgica, Luxemburgo y Francia. El 22 de junio de 1941, el Ejército Alemán invadió la Unión Soviética y para septiembre, se acercaba a Moscú. Durante ese tiempo, Italia, Rumania y Hungría se habían unido a los poderes lidereados por Alemania, y se oponían a los Poderes Aliados (La Comunidad Británica, la Francia Libre, los Estados Unidos y la Unión Soviética).

En los meses que siguieron a la invasión Alemana en la Unión Soviética, muchos Judíos, líderes políticos, comunistas y Gitanos fueron asesinados en ejecuciones masivas. La mayoría de estos asesinados eran Judíos. Estos asesinatos eran llevados a cabo en lugares improvisados a través de la Unión Soviética por miembros de escuadrones asesinos móviles (Einsatzgruppen), que seguían las rutas abiertas por el Ejército Alemán invasor. El más famoso de estos sitios fue Babi Yar, cerca de Kiev, donde un estimado de 33,000 personas, la mayoría judíos, fueron asesinados. El terror Alemán se extendió hacia pacientes impedidos institucionalizados y pacientes psiquiátricos en la Unión Soviética; también dió como resultado el asesinato en masa de más de tres millones de prisioneros de guerra Soviéticos.

La Segunda Guerra Mundial trajo grandes cambios al sistema de los campos de concentración. Enormes números de prisioneros nuevos, deportados de todos los países ocupados por Alemania, ahora inundaban estos campos. Muy seguido, grupos enteros eran enviados a los campos, tales como los miembros de las organizaciones de resistencia subterráneos que fueron capturados en toda la Europa occidental en 1941 bajo el decreto de "Noche y Niebla". Para acomodar el incremento masivo en el número de prisioneros, se establecieron cientos de nuevos campos en territorios ocupados de la Europa oriental y occidental.

Durante la guerra, los ghettos, campos de tránsito, y campos de trabajos forzados fueron creados por los Alemanes en adición a los campos de concentración para capturar Judíos, Gitanos y otras víctimas del odio racial y étnico, así como también oponentes políticos y miembros de la resistencia. Después de la invasión de Polonia, tres millones de Judíos Polacos fueron forzados a vivir en mas de 400 nuevos ghettos donde fueron segregados del resto de la población. Grandes números de Judíos también fueron deportados de otras ciudades y países, incluyendo Alemania, hacia los ghettos en Polonia y en otros territorios del este ocupados por Alemania.

En las ciudades Polacas que se encontraban bajo la ocupación Nazi, como Warsaw y Lodz, los judíos fueron confinados en ghettos sellados donde el hambre, la sobrepoblación, el frío y las enfermedades contagiosas dieron muerte a decenas de miles de personas. En Warsaw y otras poblaciones, los Judíos que se encontraban en los ghettos hicieron un gran esfuerzo, bajo un gran riesgo, por mantener sus vidas religiosas, culturales y en comunidad. Los ghettos también proveían a gran fuerza de trabajo para los Alemanes y muchos de estos trabajadores (que construían vías de tren y otro tipo de infraestructuras militares alemanas) murieron de cansancio y mal trato.

Entre 1942 y 1944, los Alemanes iniciaron la eliminación de los ghettos en la Polonia ocupada y otros territorios, deportando a los residentes de los ghettos hacia los "campos de exterminio", centros de exterminio facilitados con equipos para el manejo del gas, localizados en Polonia. Después de la reunión de los oficiales mayores del estado Alemán a finales de enero de 1942, la decisión de implementar "la solución final a la cuestión judía" se volvió una política formal de estado y los Judíos de la Europa occidental también fueron enviados a los centros de exterminio en el Este.

Los seis lugares de asesinato masivo fueron escogidos debido a su cercanía las vías del tren y su localización en zonas semi-rurales, en Belzec, Sobibor, Treblinka, Chelmno, Majdanek, y Auschwitz-Birkenau. Chelmno fue el primer campo en donde se llevaron ejecuciones masivas por medio del gas, traído por vehículos pipas: 150,000 personas fueron asesinadas ahí entre diciembre de 1941 y marzo de 1943, y de junio a julio de 1944. Un centro de exterminación que utilizaba pipas de gas y cámaras de gas operó en Belzec, donde más de 600,000 personas fueron asesinadas entre mayo de 1942 y agosto de 1943.

Entrada Campo de Concentración de Auschwitz-Birkenau

Sobibor fue abierto en mayo de 1942 y fue cerrado un día después de la rebelión de los prisioneros en octubre 14 de 1943; 200,000 personas fueron asesinadas en ese lugar por medio del gas. Treblinka fue abierta en julio de 1942 y cerrada en noviembre de 1943; una revuelta de prisioneros a principios de agosto de 1943 destruyó gran parte del campo de concentración. Por lo menos 750,000 personas fueron asesinadas en Treblinka, físicamente el centro de exterminio de mayores dimensiones. Hubo muy pocos sobrevivientes de estos cuatros centros de exterminio, debido a que la mayoría de las víctimas eran asesinadas inmediatamente después de su llegada a estos lugares.

Auschwitz-Birkenau, que también sirvió como un campo de concentración y como un campo de trabajos forzados, se convirtió en el campo de exterminio donde los mayores númeroso de Judíos y Gitanos Europeos fueron asesinados. Después de una gaseada experimental en septiembre de 1941 de 250 Polacos enfermos y 600 rusos, el exterminio masivo se volvió una rutina diaria; más de 1.25 millones fueron asesinados en Auschwitz-Birkenau, 9 de cada 10 eran Judíos. Además Gitanos, Soviéticos, y prisioneros enfermos de todas las nacionalidades murieron en las cámaras de gas. Entre mayo 14 y julio 18 de 1944, 437,402 judíos húngaros fueron deportados hacia Auschwitz en 48 trenes. Esto fue probablemente la deportación más grande llevada a cabo durante el Holocausto. Un sistema similar fue implementado en Majdanek, que también servía como campo de concentración y en donde al menos 275,000 personas fueron asesinads en las cámaras de gas, o murieron de malnutrición, brutalidad o enfermedad.

Los métodos de asesinato fueron los mismos en todos los centros de exterminio, que fueron operados por la S.S. Las víctimas llegaban en vagones de tren, la mayoría de ghettos y de campos de la Polonia ocupada, pero también de casi todos los países Europeos. A su llegada, los hombres eran separados de las mujeres y los niños. Los prisioneros eran forzados a desvestirse y a entregar todos sus valores. Ellos eran llevados desnudos hacia las cámaras de gases, que estaban disfrazadas como regaderas, y dentro de ellas era utilizado el monóxido de carbono o Zyklon B (una forma de ácido cristalino, también utilizado como insecticida). La minoría seleccionada para trabajos forzados quedaban, después de largas cuarentenas, vulnerables a la malnutrición, y expuestos a epidemias, experimentos médicos y a la brutalidad; muchos perecieron como resultado.

Los Alemanes llevaron a cabo sus actividades de exterminio sistemáticas con la ayuda activa de colaboradores locales en muchos países, y con la indeferencia de millones de personas que no les importaba la situación judía. De cualquier manera, hubo algunos intentos por la creación de una resistencia organizada en contra de los exterminios. Por ejemplo, en el otoño de 1943, la resistencia Danesa, con el apoyo de la población local, rescató a casi toda la población Judía de Dinamarca de la amenaza de la deportación al Este, enviándolos a través de embarcaciones a Suecia, que se mantenía neutral. Individuos de muchos otros países también arriesgaron sus vidas para salvar a los Judíos y a otras víctimas de la persecución Nazi. Uno de los más famosos fue Raoul Wallenberg, un diplomático suizo que dirigió el rescate que les salvó la vida a decenas de miles de Judíos Húngaros en 1944.

Los movimientos de resistencia existieron en casi todos los campos de concentración y ghettos de Europa. Además de las revueltas armadas en Sobibor y Treblinka, la resistencia Judía en el ghetto Warsaw, llevó a una valiente lucha entre abril y mayo de 1943, a pesar de la predecible derrota debido a la superioridad de las fuerzas Alemanas. En general, el rescate o la ayuda hacia las víctimas del Holocausto no era una prioridad para las resistencias organizadas, cuyo objetivo principal era el pelear la guerra contras los Alemanes. En pocas ocasiones, estos grupos y los Judíos partisanos (de la resistencia) cooperaron unos con otros para salvar Judíos. El 19 de abril de 1943, miembros del Comité Nacional para la Defensa Judía en cooperación con trabajadores férreos Cristianos y una rebelión subterránea en Bélgica, atacaron un tren que se dirigía hacia el campo de Malines cercano a Auschwitz, y tuvieron éxito al permitir que cientos de judíos deportados pudieran escapar.

Después de que la guerra se tornó contra Alemania y los ejércitos Aliados se acercaban a Alemania en 1944, la S.S. decidió evacuar algunos campos de concentración. Los Alemanos trataron de ocultar las evidencias del genocidio y deportaron prisioneros hacia campos dentro de Alemania para prevenir su liberación. Muchos prisioneros murieron durante esas largas jornadas a pie conocidas como "marchas de la muerte". Durante los días finales, en la primavera de 1945, las condiciones de los campos de concentración que aún quedaban convirtieron a estos cambios en centros de exterminio masivos. Aún los campos de concentración que nunca fueron diseñados para la exterminación, como el de Bergen-Belsen, se volvieron trampas mortales para miles (incluyendo Ana Frank que murió allí de tifo en marzo de 1945).

En mayo de 1945, la Alemania Nazi quedó colapsada, la S.S. fue dispersada y destruída, y los campos dejaron de existir como de exterminación, trabajos forzados o campos de concentración. El Legado Nazi fue un vasto imperio de exterminios, pillaje y explotación que afectó a cada país de la Europa ocupada. La gran magnitud, así como las implicaciones morales y éticas de esta era trágica están ahora siendo comprendidas.